Miasto założone w XIII w. w miejscu staropruskiego grodu. Od 1243 do 1341 r. było siedzibą biskupów warmińskich. Ze względu na swoją lokalizację stanowiło również główny port biskupstwa, należący do Hanzy. Handlowano tu przede wszystkim zbożem i drewnem.
W Braniewie powstało pierwsze w Polsce kolegium zakonu jezuitów (w 1565 r.). Dzięki temu miasto stało się głównym ośrodkiem życia umysłowego na Warmii.
W czasie II wojny światowej Braniewo zostało znacznie zniszczone, dlatego nie zachowało się zbyt wiele historycznych budynków. Monumentalny kościół św. Katarzyny Aleksandryjskiej, wzniesiony w XIV w., odbudowano po zniszczeniach wojennych i powojennych dopiero w 1984 r. Z zamku, również z XIV w., zachowała się tylko wieża bramna, która jest najstarszym obiektem murowanym na Warmii. Po przeprowadzeniu rewitalizacji urządzono w niej punkt widokowy. W budynku dawnego kolegium jezuickiego obecnie działa zespół szkół zawodowych.